一百多年来，学校始终以民族振兴发展，民族团结进步为己任，教书育人，积淀形成了以“爱国主义”和“民族团结”为鲜明特质的“穆源精神”。全面建构起“建筑特色化，民族风情陶冶人；活动多样化，民族文化涵养人；教育系列化，民族精神塑造人”的民族学校。

创立于1906年（清光绪32年），当时镇江回族著名实业家金恒仁、杨白山等出资，利用杨家门金氏祖遗地产初名为“穆源两等学堂”，是全国第一所新式回民学堂。三十年代初，成为当时同类学校中的佼佼者，让当时镇江城的小孩都特别向往。

我就是这边毕业的，当时还在旧校区，之前的老师不知道还在不在这个学校～现在新校区更有民族特色。什么都好，一如既往的路难走，车难停，但是老城区的学校都这样。一个班级二十几个人，小班化，争取以后让我孩子也在这个学校！