福建海事局为正局级建制，隶属交通运输部，下辖一个副局级建制厦门海事局、六个正处级建制分支海事局（宁德、福州、莆田、平潭、泉州、漳州海事局）。负责辖区沿岸国管理、海区（或水域）巡逻、通航环境管理与通航秩序维护、水上水下施工作业审核及监督管理、锚地和重要水域划定、港区岸线使用审核、航行警（通）告发布等管理工作负责辖区港口国监督、船舶安全检查、国际航行船舶进出口岸查验、国内航行船舶进出港签证、强制引航监督、靠泊安全监督等管理工作负责辖区船舶登记和船舶文书核发管理工作负责辖区口岸海事管理工作和辖区内外国籍船舶管理工作负责船舶装运危险货物和其他货物安全监督、防止船舶污染水域监督等管理工作