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计算机学院始建于1996年2月，原为聊城师范学院计算机科学系，是山东省较早建立计算机科学系的单位之一。现下设计算机科学系、信息管理系、电子商务系、软件工程系、网络工程系、基础教学部和计算机专业实验教学中心。现有软件工程、系统理论（控制集成方向）两个一级硕士学位授予点，计算机科学与技术、信息管理与信息系统、电子商务、软件工程、网络工程五个本科专业，拥有一个山东省十二五“智能信息处理与网络安全”重点实验室。2012年，聊城大学被山东省教育厅、财政厅批准为山东省应用型特色名校工程首批立项建设单位，学院软件工程本科专业也名列该校的名校工程重点建设专业；2014年中国测绘局、聊城市政府依托聊城大学计算机学院成立了“中国智慧城市研究院”。