昆明市第三人民医院成立于1954年，前身为"昆明市传染病医院"，1986年更名为昆明市第三人民医院，2003年与"昆明市结核病防治院"合并，成为西南地区规模最大的传染病专科医院，2016年3月通过"三级甲等传染病专科医院"评审，是"云南省传染性疾病诊疗质量控制中心"和"昆明市传染性疾病医疗质量控制中心"，是昆明市政府举办的以传染性疾病诊治为重点，集医疗、教学、科研、社区卫生服务为一体的大型综合性传染病专科医院。医院是大理大学第六附属医院、昆明医科大学临床教学医院。