龙井基督教堂始建于1906年，早在1910年，龙井基督教的领导人以龙井、明东等地为中心，积极开展反日宣传活动，提出“以宗教团结全民族，争取民族解放”的思想，吸引了大批反日志士和进步的知识分子。　　1919年3月13日，针对日本侵略，在基督教南牧师等反日志士的领导下，3万余名延边民众汇聚龙井，召开了声势浩大的反日大集会，举行了轰轰烈烈的反日大示威。示威遭到延吉地方驻军和日本便衣警察的残酷武装镇压，共有19人牺牲、48人负伤、94人被捕。3月17日，约3000余名民众在合成利公墓(基督教公墓)安葬了13名殉难义士(现有13义士陵墓)。　　1920年，日本动员大量的侵略军，镇压反日斗争。同年10月30日，日本军警突然包围东盛涌镇獐岩洞，以龙井基督教獐岩洞教会和教会学校参加抗日活动为理由，放火烧毁教堂和学校以及数十栋民宅，当日日军残暴杀害基督教信徒等36人。　　龙井基督教会在延边地区发展民族教育，先后建立了明信高等女子学校、明信女子学校、恩真中学，培养出了一大批著名的反日斗士、教育家、抗日武装部队指挥官等仁人志士。　　后来，龙井恩真中学成为反日抗日运动领导人的避身处、情报联络处、斗争指挥部。1916年5月，龙井基督教会建立了基督教济昌医院。抗日战争时期，龙井基督教会的济昌医院治疗了大量的反日信徒和伤员。　　1958年9月，延边召开了基督教代表会议，成立延边基督教三自爱国运动委员会。