陶然亭文昌阁位于慈悲庵的最后一个院落内，两层的建筑，也是庵内唯一的高层建筑。文昌阁坐北朝南，面阔3间，进深1间。文昌阁内楼上供奉的是玉皇大帝，楼下供奉的是文昌帝君（又称梓潼帝君）和魁星，这两位神仙是主宰文运兴衰和功名禄位之神。这里一直是清代进京参加会考的考生们顶礼膜拜的圣殿，他们到此是来祈求、许愿、问卜的。文昌阁还有清代经幢，幢身八面，上刻四尊佛像和四段梵汉两文的经文。