古朴的吉野神宫，是祭拜后醍醐天皇的神宫。原来后醍醐天皇是在佛教式的吉水院祭拜的，在明治维新以前，日本神佛一家，神社和寺庙左邻右里的，没有太大区别。明治维新后，神佛分家，把后醍醐天皇的祭祀场所重新改址修建了吉野神宫

吉野神宮は、吉野町大字吉野山小字丈六に鎮座し、後醍醐天皇を奉祀する別表神社（旧官幣大社、現神社本庁管轄下）である。吉野山は、後醍醐天皇が文保2年（1318）の践祚以来天皇親政を志し、北条氏を倒して建武中興を成就したが、足利尊氏の造反にあい延元元年（1336）12月吉野山に遷幸され、吉野朝廷（京都の北朝に対して、南朝という）を樹立したところとして知られる。吉野朝廷は、一時期「吉水院」に行宮（皇居）を定めるが、のちに、「実城寺」を行宮と定め、「金輪王寺」と改称。「吉水院」は、明治維新の神仏分離令の際、廃寺となり、明治8年（1875）「吉水神社」と改称。これは、明治7年に、天皇親政復古を目指した建武中興の理想が成就されたとして、「後醍醐天皇社」という名称のもとで創立が許可され、天皇ゆかりの旧吉水院内に祀ったことによるものと考えられる。しかし、後醍醐天皇の奉祀神社の創建を一寺院を改称して充てるのは、不見識であるとされ、明治22年（1889）6月、「吉野宮」として新たな社殿を創立し、官幣中社に列された。明治25年（1892）の社殿完成にともなって、後村上天皇の勅命により吉水院（吉水神社）に奉安されていた、後醍醐天皇の御宸像が奉遷され、明治34年（1901）には、「官幣大社」に昇格し、さらに、大正7年（1918）には、神宮の号を奉称して「吉野神宮」と改称された。