儒学高等研究院系整合原儒学高等研究院，儒学研究中心，文史哲研究院和《文史哲》编辑部而来。重新整合而成的儒学高等研究院既是科研机构，也是教学机构，每年招收硕士和博士研究生。儒学高等研究院下设研究所：中国哲学研究所，中国史学研究所，中国文学研究所，经学研究所，古典文献研究所和民俗学研究所。这些研究所构成山东大学文科学术研究高地，传承山大文史哲优秀传统，以传统国学为特色，儒学研究为重点的人文社科研究机构。除了科研，还承担研究生教学。儒学高层研究院有两个独立博士点-古典文献学和民间文学，还有与文学院，历史文化学院，哲学与社会发展学院等联合培养研究所的多个博士和硕士点。研究院在史学理论，文献学民俗学，先秦两汉文学，近代汉语，杜甫研究等颇有建树。除了本校老师任课，还有校外导师，更有外籍教师。研究院承担了国家重大人文社科项目，每年的科研经费在文科学部算是最多的。研究院设有自己的图书资料室，藏书10万册，并有1万册线装本，大多明清刻本。